“安和之变”后不久，冷泉天皇就退了位（以他的精神状态来看，应该不是主动退位的），其弟守平亲王登上宝座，是为圆融天皇。圆融天皇元服前，担任摄政一职执掌朝纲的乃是藤原忠平以及其侄藤原伊尹（忠平弟师辅的长子），等到天皇成年以后，恰巧忠平兄弟和伊尹都陆续辞世了，关白一职就落到了藤原师辅的次子藤原兼通手中。当时北家最有资格出任关白的是藤原兼通及其三弟兼家，两人争斗得相当激烈。然而兼通抢先一步，据说他搞到了已故安子太后（是他的妹妹）的手谕，要求本家兄弟必须按照长幼顺序继承关白之位。于是圆融天皇就封藤原兼通为太政大臣、关白，朝政悉以委之。
藤原兼家吃了个哑巴亏，只好暂时隐忍，等待哥哥去世或者失势的一天。然而藤原兼通似乎恨透了敢和自己争权的弟弟，他在贞元二年（公元977年）去世，临终前竟然找个借口把弟弟兼家从右近卫大将（从三位）的高位上扯下来，左迁为治部卿（正四位下），同时把关白的位置让给了堂兄藤原赖忠（藤原实赖的次子）。
藤原兼家虽然遭到暗算，可是并不气馁，因为他手中还紧捏着一张王牌呢。兼通兄弟，也包括赖忠，都先后把女儿送去宫里做圆融天皇的嫔妃，可是只有兼家的女儿诠子生下男孩，封为怀仁亲王。于是藤原兼通一死，藤原兼家立刻卷土重来，很快升任右大臣。后来圆融天皇让位给东宫师贞亲王，就是花山天皇，花山天皇在位仅两年，就在藤原兼家的谋划下被骗出宫去落发为僧，传位给兼家的外孙怀仁亲王。怀仁亲王就是一条天皇，继位时年仅7岁，于是藤原兼家以天皇外祖父的身份，堂而皇之地登上了摄政的宝座。
且说前一代花山天皇继位时也不过才17岁而已，此君素与在原业平并称，都是世所罕见的好色之徒，据说他在登基大典上，都迫不及待地把女侍扯到御座后去行那之事。不过从来权臣当道的时候，君主尤其是被废黜或被逼退位的君主，其种种失德之处恐怕都是权臣擅政的借口，未必确实，不可轻信。
而藤原兼家当然没把宝都押在圆融天皇一人身上，对于那位神经兮兮的冷泉天皇，他也送了个女儿过去，生下了居贞亲王，也就是花山天皇的弟弟。一条天皇才登基，他就立居贞亲王为东宫，同时还把另外一个女儿绥子送去做了东宫妃。绥子既是东宫的正妻，也是他的姑母……反正日本人不在乎辈分，当然藤原兼家更不在乎，他要的只是和皇室亲上加亲，使其外戚、摄政的权力更为稳固而已。
藤原氏既然权倾天下，地方豪族莫不想拉其为靠山，纷纷“寄进”庄园，于是藤原家族变成了最大的庄园主，到了11世纪，家族名下的庄园已占全日本土地的十几分之一。藤原兼家可以说是藤原氏摄关政治进入鼎盛时期的关键人物，他的私人机关“政所”成为事实上的政权中心，甚至政所颁发的命令（政所下文、殿下御教书）比天皇诏旨和太政官官牒更为有效。
就这样，天皇彻底被架空了，皇室威信日堕，据说宫殿朽败无人修缮，妖狐肆虐无计攘除，盗贼劫掠也无法捕拿……宽弘二年（公元1005年），内里再次发生大火，神镜也被烧损，朝廷只得改铸一个，并派遣使臣前往伊势神宫谢罪。
藤原兼家死后，其子藤原道隆就任摄政和关白，道隆死后，换上了他的弟弟道兼。一条天皇在位26年，诸事都不关心，“垂拱而治”，竟被赞誉为“宽弘之圣主”——其实他和蜀汉后主刘禅相仿佛，只不过没有当俘虏的糟糕下场而已。宽弘八年（公元1011年），一条天皇退位，居贞亲王继任为三条天皇，立一条天皇之子敦成亲王为东宫。
敦成亲王本是藤原兼家之子、道兼之弟藤原道长的外孙，道长为了登上摄政之位，多次逼迫三条天皇退位。正好三条天皇患有严重的眼疾，几近失明，于是在位仅5年就下了台，敦成亲王继位，就是后一条天皇。后一条天皇年仅9岁，外祖父藤原道长名正言顺地登上摄政宝座。
请大家注意一下，村上天皇以后的天皇世系是这样的：村上子冷泉、村上子圆融、冷泉子花山、圆融子一条、冷泉子三条、一条子后一条，也就是说，政权在冷泉和圆融两位天皇的后裔中轮替，这逐渐形成了一种传统。于是在后一条天皇登基后，就立三条上皇的儿子敦明亲王为东宫。然而敦明亲王没有藤原道长的血统，这使道长感觉隐含着危机，于是千方百计地逼迫敦明亲王，终于使其辞去东宫之位，改立敦良亲王为东宫。敦良亲王是后一条天皇的同母兄弟，也就是说，他们的母亲同为藤原道长的女儿彰子——惯例被打破了，冷泉天皇的后裔就此被排除在皇统之外。
后一条天皇在位21年，藤原道长及其子藤原赖通先后执政。道长权势熏天，时人都说他的尊贵与帝王无异，“摄政即天子”、“唯道长之心系天下之兴亡”。藤原道长也志得意满，甚至吟出“此世即吾世，如月满无缺”的诗句，骄横之态，可见一斑。不过此公确实值得骄傲，他担任朝廷柱石整整30年，直到万寿四年（公元1027年）十二月去世，享年62岁。
院政的开端
后一条天皇去世后，传位于东宫敦良亲王，也就是藤原道长的外孙，是为后朱雀天皇。后朱雀天皇在位10年，让位给东宫亲仁亲王，就是后冷泉天皇。后冷泉天皇立尊仁亲王为东宫。
这一接班人选，让执政的藤原道长之子赖通、教通非常不满，因为赖通兄弟都曾把女儿送给后冷泉天皇为妃，却根本没能生下龙子，尊仁亲王乃是天皇与祯子内亲王所生的儿子。储君怎能不是藤原氏嫡亲的外甥或外孙呢？因此赖通兄弟想方设法要搞掉尊仁亲王。然而所谓藤原氏嫡亲的外甥或外孙根本就不存在，就算废黜东宫，又该由谁来接替呢？
时光如同流水，眨眼间后冷泉天皇登基已经24年了，藤原一族还没拿出应对方法来，他就先驾了崩。尊仁亲王顺理成章登上天皇宝座，就是后三条天皇。藤原赖通灰心丧气，就把关白之位让给兄弟教通，自己退居二线。
从宇多天皇开始，整整170多年了，后三条天皇是唯一没有藤原氏外戚的天皇，加上他登基时已经35岁了，年富力强，精神旺盛，就想要一脚踢开藤原北家，自行其是。后三条天皇采取了一系列改革措施，比如发布《延久庄园整顿令》，在中央设立“记录庄园券契所”，管理和整顿各地的庄园，统一计量标准——当然，他主要拿藤原氏名下的大小庄园开刀，这就必然会引发藤原氏群臣的反对。眼看改革阻碍重重，后三条天皇心生一计：如果从皇室中逐渐排除掉藤原氏的血统，我看你们还有什么资格再霸占朝堂！
延久四年（公元1072年），后三条天皇退位，在位仅仅4年。他传位给藤原茂子所生的贞仁亲王，贞仁亲王的东宮妃乃是藤原贤子，但贤子并未生男，后三条上皇就指定自己与源基子所生的实仁亲王为东宫，并且约定等实仁亲王继位后，立其同母兄弟辅仁亲王为储君。在上皇的如意算盘里，经过一个很短时间的过渡，就会有接连两位天皇都和藤原氏没有关系。
安排好这一切，后三条上皇就安心地咽了气，年仅40岁。东宫贞仁亲王登基，就是白河天皇。白河天皇上台后不久，藤原赖通、教通兄弟就相继去世了，由赖通的长子藤原师实出任关白。不过后三条上皇的梦想也落了空，藤原贤子竟然冷不防地生下了一个儿子，是为善仁亲王，而东宫实仁亲王却因病辞世。于是在应德三年（公元1084年），白河天皇退位，他一脚踢开异母兄弟辅仁亲王，把年仅8岁的亲儿子善仁亲王扶上了宝座，是为堀河天皇。
不过若因此说后三条上皇架空藤原氏的努力完全没能产生效果，也是不对的，在他的时代，天皇终究收回了一部分权力，藤原氏摄关政治有所萎缩，这一点对后世影响甚大。堀河天皇只是个小孩子，按照惯例，当由藤原师实担任摄政，总揽朝纲，可是白河上皇当时才不过34岁，正当壮年，虽然退位却坚持不肯放权。他设置“院厅”，起用身份较低却有能力的人担任“别当”、“年预”等官职，执行政务——这就是所谓“院政”的开端，藤原家族的辉煌，至此已如明日黄花。
不过院政之与摄关政治，只是换汤不换药而已，它可以解决藤原氏擅权的问题，却根本无法解决当时日益严重的种种社会矛盾。此后“院”也就是把持朝政的上皇或法皇代替藤原氏成为日本最大的庄园主，对百姓的剥削却一如既往，毫无缓和迹象。
院政之与摄关政治的不同，仅仅表现在对武士集团的拉拢上，这也直接造成了其后武家政权的建立。武士阶层在9世纪中期产生时，存在着高、低两端：低端为地方庄园的庄官及庄官集结起来的战斗集团；高端武士就是源、平等军事贵族，他们本身拥有庄园，并且多次受朝廷诏令平定边远地区的叛乱，或者远征虾夷，实力逐渐膨胀。最终这高、低两端结合为一，形成了自己独特的组织结构（家族形式的层级武士团），以及与公卿之腐朽奢靡不同的节俭、武勇的风尚。当时社会上可以说形成了四个大的权力集团，即在中央有正冉冉上升的院、逐渐江河日下的藤原氏，在地方上有以源氏或平氏为其真正领袖或精神领袖的武士集团。
平氏由高望王担任上总介开始，在关东扩张势力，经过“平将门之乱”以及公元1028年爆发的“平忠常之乱”，其在关东的势力逐渐被源氏所取代，而平贞盛因为平定将门之乱有功受到嘉奖，其子维衡把根据地转移到伊贺、伊势等地，称为“伊势平氏”，逐渐在近畿站稳了脚跟。而源氏原本是服侍摄关家的“京侍”，后来清和源氏的源赖信平定忠常之乱，趁机攫取了平氏在关东的势力，继而还妄图利用“前九年之役”和“后三年之役”，把影响力更扩展到东北地方。就这样，源、平两氏的势力来了个大掉个儿。
这两个最高贵的武士家族，其发展方向是截然不同的。回归京都的平氏开始与院政相结合，成为院用来对抗摄关家的强有力武器。白河院就从伊势平氏中选拔武士守卫自己的御所，因为这些武士主要驻扎在御所北侧，故称“北面武士”。而源氏则在地方上尤其是关东地区扩展势力，大量关东地区的名主把土地从寄进给藤原氏转而寄进给源氏，这种风潮极盛一时，致使朝廷曾一度明令禁止。
就这样，院政促进了武士集团的膨胀和相互对抗，新的时代正在孕育，大乱也即将到来……
